1.法学
日本的法系与中国的法系不尽相同，但是这并不能阻碍中国学生赴日攻读法学专业的热情。同时日本的国际法(包括国际公法和私法)研究具有相当的实力，特别是东京大学的法学部和京都大学的法学部实力超群。
　　
2.工学
日本的工学科研实力世界顶尖，特别是机器人、材料等领域的研究更是世界。中国大学的工学专业设置和日本基本相同，在专业对口性上基本问题不大。不过也有少数专业在日本没有对口专业，比如说测绘专业，在日本的国立大学中基本上没有该类专业的设置。
不过可以在防灾等分野找到类似的专业。另外日本除了多家综合性大学工学研究实力强劲外，有几家专业性的工业大学研究实力也相当可观，比如说东京工业大学，电气通信大学，名古屋工业大学，九州工业大学等，这些也是可以选择申请的学校。
　　
3.理学
理学方面，日本大学在这一领域内的表现更是让人感到敬佩，近几年诺贝尔奖的物理和化学奖项的日本籍获奖者就是的证明。
一般来说理学研究科有以下几个专业方向：数学、物理学、天文学、化学、生物科学，地理学等。一般还会有几个附属的研究所，主要承担研究任务。研究科承担教学任务，分工相对比较明确。对于工科和理科的学生的日语要求，普遍比文科的学生要低一些，基本上只要相当于二级水平就可以。
　　
4.通信专业
日本大学的信息科学和通信科学的研究实力同样世界一流，很多革命性的信息技术就是由日本科学家完成的。日本已经进入了高度情报化社会的成长期阶段，在所有领域中都需要大量的懂得情报的搜集、处理、传送、存储、检索等技术的人才。
一般该专业学生赴日留学后，基本可以留在日本进入相关的软件及通讯公司工作，薪水较其他专业相比也有比较大的提升。同时，该类专业对于理工科学生的日语要求不是很高，相当于2级水平就可以申请，同时如果有英语托福或者托业成绩也可以在申请方面加分。在申请奖学金方面也会对该类专业学生有所倾斜。
　　
5.艺术
大部分的艺术类大学为私立大学，一年学费大概在10万人民币左右，而国立以及公立大学的学费相对比较低廉，学费半免后一般一年在1.8万元人民币左右，所以国立，公立大学成为了中国艺术类专业学生的首选。目前日本的公立大学开设了如下的艺术类专业：
油画学科、绘画学科、造形学科、造形美术学科、雕刻学科、日本画学科、美术学科、动画漫画、环境设计学科、技术造形学科、工业设计学科、工艺学科、工艺工业设计学科、产业设计学科、视觉传达设计学科等专业。
　　
6.医学、药学
日本发达的医学研究和药学研究一直是中国留学生选择的热门专业。其先进的实验室设施，以及充足的科研经费，保证了日本医学的地位。也保证了日本大学医学专业文凭的含金量。因此就业前景十分广阔。
一般日本的医学专业分为三大方向：医科学、障害科学研究以及保健学。在日本牙科一般是单独划分为一个专业，另外日本的护理专业非常有人气，这主要是因为目前随着日本老龄化不断加重，迫切需要大量的护理人员充实到就业岗位。
日本国立大学的医学专业学费相对于私立非常便宜，基本是私立大学的三分之一到五分之一左右。